کارمزد سبدگردانی در شرکت‌های سبدگردان مانند هر سیستم پاداش‌ده مناسب دیگری شامل دو بخش “کارمزد ثابت و “کارمزد متغیر یا کارمزد مبتنی بر عملکرد است.
کارمزد ثابت، مطابق با دستورالعمل سازمان بورس و اوراق بهادار، برای مجموع سهام (یا در حالت کلی “اوراق با در آمد متغیر») موجود در سبد هر مشتری، و نیز برای مجموع اوراق مشارکت (یا در حالت کلی “اوراق با در آمد ثابت”) موجود در آن عددی ثابت است که در هنگام انعقاد قرارداد در خصوص این اعداد با سرمایه‌گذار توافق حاصل می‌گردد. این کارمزد به صورت روزانه محاسبه شده و در مقاطع ۳ ماهه از مشتریان دریافت شده یا از مانده دارایی‌های آنها نزد شرکت سبدگردان کسر می‌گردد. سبدگردان موظف است که از محل این کارمزد دریافتی، کلیه هزینه‌های فعالیت خود (از هزینه‌های مربوط به حسابرس و امین گرفته تا هزینه‌های مربوط به مدیریت سرمایه نظیر گردآوری و پردازش اطلاعات، نگهداری اسناد و فعالیت‌های کارشناسی) را پوشش دهد.
اما بخش دیگر کارمزد، متغیر است و در واقع، حکم پاداش را برای طرفین داشته و تنها در صورتی از مشتری دریافت می‌گردد که بازدهی سبد اختصاصی وی در پایان قرارداد یا به هنگام فسخ آن از جانب وی، بیش از مقدار تعیین‌شده در ابتدای قرارداد باشد. نرخ بازدهی مورد نظر و سهم مشتری و سبدگردان از مازاد بازده (احتمالی) ایجادشده، با توجه به آورده مشتری، در ابتدای قرارداد به صورت توافقی بین طرفین تعیین می‌شود (این نرخ می‌تواند به صورت پلکانی نیز تعیین شود، اما در هر حال، سهم عمده از مازاد بازده ایجادشده، متعلق به مشتری است و سبدگردان تنها بخش کوچکی از آن را به عنوان پاداش عملکرد مطلوب خویش محاسبه می‌کند. این امر باعث ایجاد انگیزه در سبدگردان برای کسب بازده بیشتر برای مشتری می‌شود). بدیهی است که مقدار مطلق این کارمزد، بستگی زیادی به زمان اتمام یا فسخ قرارداد و وضعیت بازار و سبد مشتریان در آن هنگام دارد و قبل از آن، قابل اخذ نیست. ضمناً قراردادها عموماً به صورت یک ساله منعقد می‌شوند و به خواست مشتریان، مجدداً امکان تمدید می‌یابند.
